Стоимость квартиры состоит из соц.выплаты и собственных средств покупателя: на что пробивать чек?

Поскольку квартиры продаются по договору купли-продажи, то при расчетах с физлицом вам надо применить ККТ. Чек нужно пробить на ту сумму, которую покупатель оплатил собственными деньгами, поскольку кассовый чек подтверждает сам факт расчета, и человек должен получить документ об этой оплате.
По мнению специалиста ФНС Куковской Ю.А. (опубликовано в ГК, 2018, N5) для целей применения ККТ важно, не за кого совершен платеж, а кем именно и каким способом.
Когда часть стоимости квартиры поступает со счета местной администрации, то ККТ в таком случае применять не нужно, поскольку формально расчеты происходят между организациями в безналичном порядке <п. 9 ст. 2 Закона от 22.05.2003 N 54-ФЗ>.
ККТ также не применяется при получении маткапитала в счет оплаты квартиры. Поскольку материнский капитал – целевые деньги, их не выдают гражданам на руки. Эти средства перечисляет безналичным переводом непосредственно Пенсионный фонд. То есть организация получает деньги от организации, а не от физлица.